Każda wyspa ma własny mikroklimat, ukształtowany pod wpływem morza, wiatrów i bliskości lądu stałego. Wiosna najwcześniej nadchodzi na Krecie, gdzie lato jest zwykle najgorętsze. Rodos ma ze wszystkich wysp największe nasłonecznienie, a na Korfu i innych wyspach Morza Jońskiego lato jest stosunkowo łagodne. Cyklady smaga porywisty wiatr meltemi, który latem czasami dmie bez przerwy przez trzy dni. Na Samos i północno--wschodnich Wyspach Egejskich, leżących blisko wybrzeży tureckich, wiosna przychodzi późno ze względu na wpływ górskiego klimatu panującego na Wyżynie Anatolijskiej. Od końca maja do października deszcze na wyspach padają rzadko. Wiele wysp jest rajem dla miłośników przyrody - lądowej i podmorskiej. Bogaty świat owadów i gadów obejmuje gatunki gdzie indziej w Europie nie występujące. Niektóre plaże są ostojami lęgowymi rzadkiego, zagrożonego wyginięciem gatunku żółwia morskiego.