W okresie istnienia miast-państw liczne wyspy dysponujące silnymi flotami handlowymi i wojennymi często rywalizowały z Atenami o prymat na morzu. Podczas wojen perskich wiele z nich walczyło po stronie Persów. W szczytowym okresie potęgi Ateny kontrolowały Związek Morski (którego ośrodek i skarbiec znajdowały się na Delos - świętej wyspie Jonów) skupiający państwa wyspiarskie. Wskutek polityki Aten niektóre wystąpiły jednak przeciw swemu hegemonowi po stronie Sparty podczas wojny peloponeskiej. W 229 roku p.n.e. Korfu i pozostałe Wyspy Jońskie, jako pierwsze z wysp greckich dostały się pod władzę Rzymu. Ostateczne ujarzmienie całej Grecji przez Rzym nastąpiło w 86 roku p.n.e., po zdobyciu Aten. Do tego czasu jednak wiele Wysp Egejskich stało się bazami piratów. Zagrożenie z ich strony było tak wielkie, że w I wieku p.n.e. Pompejusz przeprowadził szeroko zakrojoną i uwieńczoną sukcesem kampanię morską w celu usunięcia rozbójników.